RNA解析について

RNAシークエンス

サンプルを送付頂ければ、弊社でRNA抽出し、パートナー企業でRNAシークエンス致します。選択肢としては、生物種にもよりますが、polyA+RNAの解析、RiboZeroを用いて、rRNAを除く処理をしたRNAの解析があります。また、100bp 或いは150bp Pair-end解析で4000万リード／サンプルを標準としています。

遺伝子・エキソン発現解析

各生物種で、最新のリファレンスゲノム情報を用いて、TopHat2、或いはSTARで解析を行います(選択可)。次に、Cufflinks→Cuffdiff→Rによる統計解析を行います。この過程は弊社内で行いますので、お客様の要望に応じて、出力される図表のフォーマットを変えることも可能です。また、論文にする過程で、レフリーから求められた再解析にも対応させて頂きます。情報量にもよりますが、廉価で受託させていただきます。

昨今、in silicoの解析だけではなく、wetの解析で検証することが求められる様になりました。そのためには、プライマーの設計が不可欠になり、エキソンレベルでの解析が推奨されます。

プライマ－の設計とRT-PCR

wet解析でin silicoの結果を検証するには、エキソン内の配列を対象としてリアルタイムPCRを実施する必要があります。ここでは、プライマー設計が可能なエキソン領域の抽出をし、プライマーを設計・合成します。これを用いて、弊社で、リアルタイムPCRを行います。