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in situ ハイブリダイゼ-ション用標識cRNAプロ-ブ

現在は、ターゲットとした遺伝子のORFの領域から、プローブに適した領域を選んで、in situハイブリダイゼーションを作製しています。しかし、トランスクリプト解析から、色々なトランスクリプトが産生されていることが判ってきました。同じ遺伝子内で、あるエキソンは、対照群で発現が高く、実験群では、低くなってますが、他のエキソンでは発現パターンが逆転している場合が多く観察されます。従って、RNA発現解析を踏まえて、プローブ領域を選ぶ必要があると考えられます。

遺伝子単位でみたスプライスバリアントと使用されているエキソン
cRNA probe fig.1
In silico解析結果をwetで検証するためのデータ
cRNA probe fig.2