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現在は、ターゲットとした遺伝子のORFの領域から、プローブに適した領域を選んで、in situハイブリダイゼーションを作製しています。しかし、トランスクリプト解析から、色々なトランスクリプトが産生されていることが判ってきました。同じ遺伝子内で、あるエキソンは、対照群で発現が高く、実験群では、低くなってますが、他のエキソンでは発現パターンが逆転している場合が多く観察されます。従って、RNA発現解析を踏まえて、プローブ領域を選ぶ必要があると考えられます。